Certains observateurs, dont une partie des familles des victimes ont fait remarquer quelques incohérences dans la version officielle et ont fourni une explication différente de cette journée, qui serait, selon eux, un complot du gouvernement américain. Un délit d'initié a été suspecté après l'effondrement des tours, le cours des actions de certaines sociétés s'est en effet effondré la semaine précédant l'attentat, dont en premier lieu les actions de la banque Morgan Stanley qui occupait plusieurs étages du World Trade Center.
Il est plausible que des mouvements financiers dus à un petit nombre d'initiés ( banques islamistes proches d'Al-Qaïda, où de Bush; par exemple ) aient provoqué, par effet d'entraînement, une rumeur défavorable apte à provoquer ces baisses de cours.
Des informations du FBI ne sont pas remontées jusqu'à la CIA et inversement. Le 11 septembre n'aurait certainement pas été celui que l'on connait si toutes les informations des services secrets avaient été traitées sérieusement.
Différents éléments d'enquête ont systématiquement été bloqués par le gouvernement américain, comme le rapport de la « Commission sur le 11 septembre » du Congrès qui a été expurgé de 31 pages, à la demande du George Walker Bush. Cela n'est aucunement une preuve de l'implication du gouvernement américain dans les atentats.
L'organisation des sapeurs-pompiers de New York (FDNY) a également été mise en défaut : Des sapeurs-pompiers sont montés dans les tours jumelles sans ordre de leur hiérarchie, les communications radio ne passaient pas dans les bâtiments en raison de la structure métallique et les personnels engagés n'ont pas reçu l'ordre d'évacuation.
Dans son livre La face cachée du 11 septembre, Eric Laurent, un inlassable détracteur des Bush depuis la guerre du golfe de 1991, met en exergue les délits d'initiés entourant les attentats. En effet, un achat anormalement élevé de "put option" a été constaté sur plusieurs entités liées aux attentats dont en premier lieu les actions de la banque Morgan Stanley qui occupait plusieurs étages du World Trade Center. Il est plausible que des mouvements financiers dus à un petit nombre d'initiés (banques islamistes proches d'Al-Qaïda) aient provoqué, par effet d'entraînement, une rumeur défavorable apte à provoquer ces baisses de cours. Il a été possible d'établir que la majeure partie des transactions avait été "portée" par la Deutsche Bank et sa filiale américaine d'investissements, Alex. Brown. Des ventes sur les compagnies d'assurances Axa Re et Munich Re, qui assuraient le complexe, ont également été faites dans les jours précèdant le 11 septembre.
Une quantité importante de « put » (actions à effet de levier ou options), 4 744 exactement, a également été placée sur la compagnie United Airlines au « Chicago Board Options Exchange » les 6 et 7 septembre, ainsi que 4 516 puts sur American Airlines, les deux seules compagnies dont les avions ont été détournés. Les ordinateurs servant à ces transactions se trouvaient dans les tours du World Trade Center, et les boîtes noires des enregistrements de ces ordinateurs auraient été dissimulées au public.
Suite à l'enquête menées conjointement par le FBI, le Ministère de la Justice, et la SEC (Securities and Exchange Commission), le gendarme de la bourse, Ed Cogswell, porte parole du FBI, annonça le jeudi 19 septembre 2003 dans un bref communiqué qu'il n'existait "absolument aucune preuve" que les spéculateurs s'étant livrés à ces transactions aient eu connaissance de la préparation des attentats.
Allen Poteshman, un professeur de finance à l'Université de l'Illinois, a publié un papier démontrant que les délits d'initiés sur les actions de United et d'American Airlines indiquent que certains ont profité de la connaissance préalable des attentats. Poteshman conclue, « Il y a à l'évidence une activité inhabituelle sur le marché des actions dans les jours précédant le 11 septembre ».
Quant à la commission d'enquête officielle, elle a rejeté dans son rapport les allégations de délits d'initiés ...